המשחק עוקב אחרי סוניק הקיפוד וחבריו, אשר מנסים להחזיר את העולם שלהם מידיו של דוקטור אגמן, אשר הצליח לכבוש את רובו בעזרת צבא הרובוטים שלו. במלחמה נגד אגמן והרובוטים מופיעים שאדו הקיפוד, סוניק המתכתי, כאוס, זאבוק ואויב חדש בשם אינפיניט ותוקפים את סוניק בזמן שהוא מנסה לתקוף את אגמן. אחרי שהחמישה תוקפים את סוניק הם לוקחים אותו לתא הכלא של אגמן. כאשר סוניק נמצא בכלא, חברי המחתרת, יחד עם דמות חדשה שהשחקן יוצר, משתפים פעולה כדי למצוא ולהציל את סוניק. באותו זמן מגיע סוניק הקלאסי ומשתף פעולה עם טיילס ויחד הם מגלים שסוניק חי ונלחמים נגד אגמן. באותו זמן חברי המחתרת מגיעים אל סוניק ומשחררים אותו, אך זאבוק מגיע כדי לחסל אותו. סוניק מביס את זאבוק ומגלה שהוא, כאוס, שאדו וסוניק המתכתי היו שיבוטים; בעקבות כך, סוניק יוצא לחפש את שאדו המזויף שמנסה לתקוף אותו, אך זמן קצר לאחר מכן מגיע שאדו האמיתי, מביס את השיבוט, ומסביר לסוניק שאינפיניט מייצר שיבוטים שנראים בדיוק כמו המקור
המשחק עוקב אחרי סוניק הקיפוד וחבריו, אשר מנסים להחזיר את העולם שלהם מידיו של דוקטור אגמן, אשר הצליח לכבוש את רובו בעזרת צבא הרובוטים שלו. במלחמה נגד אגמן והרובוטים מופיעים שאדו הקיפוד, סוניק המתכתי, כאוס, זאבוק ואויב חדש בשם אינפיניט ותוקפים את סוניק בזמן שהוא מנסה לתקוף את אגמן. אחרי שהחמישה תוקפים את סוניק הם לוקחים אותו לתא הכלא של אגמן. כאשר סוניק נמצא בכלא, חברי המחתרת, יחד עם דמות חדשה שהשחקן יוצר, משתפים פעולה כדי למצוא ולהציל את סוניק. באותו זמן מגיע סוניק הקלאסי ומשתף פעולה עם טיילס ויחד הם מגלים שסוניק חי ונלחמים נגד אגמן. באותו זמן חברי המחתרת מגיעים אל סוניק ומשחררים אותו, אך זאבוק מגיע כדי לחסל אותו. סוניק מביס את זאבוק ומגלה שהוא, כאוס, שאדו וסוניק המתכתי היו שיבוטים; בעקבות כך, סוניק יוצא לחפש את שאדו המזויף שמנסה לתקוף אותו, אך זמן קצר לאחר מכן מגיע שאדו האמיתי, מביס את השיבוט, ומסביר לסוניק שאינפיניט מייצר שיבוטים שנראים בדיוק כמו המקור
